常规smallRNA 10M

常规smallRNA 10M

服务介绍：

miRNA（micro RNA，微小RNA/微RNA）：是广泛存在于真核生物中的一类内源的、长度约为20~25个核苷酸的非编码RNA，其通过与靶RNA特异性结合导致靶RNA翻译抑制或降解，从而调控蛋白的翻译过程。

实验流程：

样本准备-RNA抽提与质检-文库构建-上机测序

送样运输要求：

样本要求：

1）样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。

2）样品的量：新鲜组织 ≥300mg, 细胞样品≥1×107个,  RNA样品需提供10μg以上的总RNA

3）样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度 ≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 7。

4）样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成~50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。

5）样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。 

相关问题：

1. 小RNA（small RNA）的种类有哪些？

Small RNA包括三类，microRNA（miRNA）、small interfering RNA（siRNA）和piRNA。

miRNA：长度为20-24个核苷酸的小RNA，是发夹结构约70-90个核苷酸的前体RNA经Dicer酶加工后形成。miRNA主要是通过和AGO蛋白结合，通过碱基互补配对的方式和mRNA结合，通过剪切mRNA ORF区域或结合在UTR区对mRNA翻译过程进行抑制，从而调控生物体内蛋白的合成。

siRNA：20-25个核苷酸的双股RNA，参与RNA干扰。

piRNA：与piwi蛋白相互作用的RNA，长度大约26-31个核苷酸。主要存在于哺乳动物的生殖细胞和干细胞，通过与piwi亚家族蛋白结合形成piRNA复合物（piRC）来调控基因沉默途径。

2. Small RNA测序，样本有什么要求？

样品类型：细胞、新鲜组织、血液RNA样品。

样品量：细胞样品请提供至少1×107个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。

样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 7。

3. 做miRNA预测，若样本是血清血浆，一般需要多少样本量？

赛维尔可做血清血浆miRNA预测，但是由于不同样本差异较大，如果提取的RNA量太少，不能保证后续测序可以进行。提取一次RNA需要血清500uL，一般需要客户提供2mL的血清样本，血清和血浆需要客户自己分离。

4. 若客户提供RNA做miRNA预测，样本量和浓度有什么要求？

样本要求：OD值260/280：1.8~2.0；浓度：100ng/uL左右；总量：2ug左右。

5. smallRNA的 测序模式？

测序模式是1×50，5~10M reads/sample。

6. miRNA的主要分析内容有那些？新miRNA预测需要参考基因组吗？

原始测序结果分析、序列比对、新miRNA预测、miRNA差异表达分析、差异miRNA靶标基因预测，差异靶标基因GO和KEGG功能分析，Disease注释功能分析，Reactome通路分析，蛋白质互作网络图，miRNA家族分析，miRNA 突变检测。新miRNA预测需要参考基因组。